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[논문 리뷰] SRDFM (1) Siamese Response Deep Factorization Machine to improve anti-cancer drug recommendation 항암제 추천도 향상을 위한 SRDFM Abstract Personalized treatment 위한 중요한 단계 : Predicting the response of cancer patients to a particular treatment → SRDFM(Siamese Response Deep Factorization Machine) 제안 Siamese Network (SN) : Architecture, parameters, weights 공유하는 동일한 subnetworks로 구성된 Deep Learning Network → 각각의 세포 주와 약 사이.. 2024. 4. 6.
논문 발표 TIP 논문 발표 TIP 1. 논문의 교신 저자의 연도 별 논문 제시 2. 다른 저널에 나오는 내용의 경우 표시 3. 자료에 넣은 모든 내용은 모두 설명하기 4. 저자의 연구 동기와 어떻게 발전하였는지에 대한 내용 중요 5. 논문의 한계에 대한 설명으로 마무리 - 24.04.04 ~ 24.04.11 LAB meeting - 랩 미팅 중 배운 내용을 정리한 글입니다. 2024. 4. 6.
이분 그래프 (Bipartite graph) 이분 그래프 (Bipartite graph) 1. 그래프란? 정점(vertice, node)과 간선(edge)으로 이루어진 자료구조를 그래프이라 한다. 트리도 그래프의 한 종류에 해당하지만, 그래프는 보다 더 유연한 방식으로 데이터 간의 관계를 표현할 수 있다. 2. 이분 그래프(Bipartite graph)란? 이분 그래프는 인접한 정점에 다른 색을 칠할 때, 모든 정점에 대해 2가지 색만으로 칠할 수 있는 그래프이다. 3. 이분 그래프 탐색 방법 1단계. 그래프를 DFS나 BFS로 탐색한다. 2단계. 색을 이웃과 다른 색으로 설정한다. 3단계. 자신과 인접한 정점의 색이 같을 경우, 이분 그래프가 될 수 없다. - 24.03.18 LAB meeting - 랩 미팅 중 생소했던 개념을 정리한 글입니다. 2024. 3. 19.
패스웨이(Pathway)의 개념과 분석 패스웨이(Pathway) 1. pathway란? : 단백질, 유전자 등의 생체 요소 간의 상호작용을 설명하는 생물학적 심층 지식 * 생합성 경로로 pathway를 번역할 수 있으나, 대부분 사용하지 않는다. 2. 패스웨이 분석 패스웨이 분석은 유전자와 단백질 등을 기반으로 질병과 관련된 패스웨이를 식별한다. 이를 통해, 어떤 현상으로 질병을 일으키는지에 대해 해석할 수 있어 bioinformatics 관련 연구를 하는데 사용된다. 3. KEGG KEGG는 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes의 약자로, pathway map의 모음이다. 분자 간의 상호작용, 반응 및 관계 네트워크에 대한 여러 종류의 map이 있다. Bioinformatics 분야에서 pathway 분석에.. 2024. 3. 14.